Auch etliche Monate nach ihrem Sieg über King K. Rool in DKC2 kosten die Kongs ihren Triumph noch immer aus. Eines Morgens trifft Dixie Kong ihren Freund Diddy Kong nicht in seinem Zimmer an, dafür einen Brief mit dem Inhalt „Liebe Dixie, schaue mich mit DK auf den Inseln um. Bis morgen! Diddy“. Zunächst denkt sich Dixie nichts dabei, als Donkey und Diddy auch nach Tagen noch nicht zurück sind, bricht sie aber auf, um diese zu suchen. Sie trifft auf Wrinkly und Funky, der ihr rät Kiddy Kong mit auf ihre Reise zu nehmen. Danach brechen Dixie und Kiddy auf, um Ausschau nach ihren Freunden zu halten.
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